Marie Amachoukeli a suivi sa formation à La Fémis. Elle écrit et réalise Forbach, Grand Prix de Clermont-Ferrand, C’est gratuit pour les filles, César du meilleur court métrage et sélectionné en compétition à la 48e Semaine de la Critique, Démolition party avec Claire Burger. En 2014, elle passe au long métrage avec le film Party Girl en collaboration avec Samuel Theis et Claire Burger. Ce film obtient la Caméra d’Or au Festival de Cannes et de nombreux prix à l’international. En 2016 elle finalise I want Pluto to be a planet again, un film d’animation réalisé avec Vladimir Mavounia Kouka, nommé aux Césars 2018. En 2020, elle écrit pour Franco Lolli,
Une Mère incroyable, le film fait l’ouverture de la Semaine de la Critique 2019. Cette année, elle finalise Hypno, une installation pour l’Opéra de Paris et sa troisième collaboration avec Flavien Berger. Son dernier film, Ama Gloria a été sélectionné en ouverture de la Semaine de la Critique 2023. En tant que consultante, elle travaille avec Clément Cogitore, Julia Ducournau, Guillaume Gouix et intervient dans des ateliers internationaux d’écriture, dont Next Step ou les ateliers de l’Atlas.